Python生物信息学数据管理

本书特色

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本书实例意在解决生物学问题，通过“编程技法”的形式，涵盖尽可能多的组织、分析、表现结果的策略。在每章结尾都会有为生物研究者设计的编程题目，适合教学和自学。本书由六部分组成：Python语言基本介绍，语言所有成分介绍，高级编程，数据可视化，生物信息通用包Biopython，*后给出20个”编程秘笈”，范围涵盖了从二级结构预测、多序列比对到蛋白质三维结构的广泛话题。此外，本书附录还包括了大量的生物信息常用资源的信息。

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内容简介

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生命科学学院的Python课程教材，适合本科教学或行业人士的Python短期培训。

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作者简介

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Allegra Via，意大利罗马第一大学物理系助理教授。研究方向为生物信息学，在生物信息学数据处理和Python编程方面具有丰富的实践经验。 Allegra Via，意大利罗马第一大学物理系助理教授。研究方向为生物信息学，在生物信息学数据处理和Python编程方面具有丰富的实践经验。

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目录

**部分入门第1章Python shell1.1本章知识点1.2案例： 计算ATP水解的ΔG1.2.1问题描述1.2.2Python会话示例1.3命令的含义1.3.1如何在电脑上运行这个例子1.3.2变量1.3.3导入模块1.3.4计算1.4示例1.5自测题第2章**个Python程序2.1本章知识点2.2案例： 如何计算胰岛素序列中的氨基酸频率2.2.1问题描述2.2.2Python会话示例2.3命令的含义2.3.1如何执行程序2.3.2程序如何工作2.3.3注释2.3.4字符串变量2.3.5用for进行循环2.3.6缩进2.3.7打印至屏幕2.4示例2.5自测题**部分小结第二部分数 据 管 理第3章分析数据列3.1本章知识点3.2案例： 树突长度3.2.1问题描述3.2.2Python会话示例3.3命令的含义3.3.1读取文本文件3.3.2写入文本文件3.3.3将数据收入列表3.3.4将文本转换为数字3.3.5将数字转换为文本3.3.6将数据列写入文本文件3.3.7计算数值列表3.4示例3.5自测题第4章解析数据记录4.1本章知识点4.2案例： 整合质谱数据， 转化到代谢通路中4.2.1问题描述4.2.2Python会话示例4.3命令的含义4.3.1if/elif/else语句4.3.2列表数据结构4.3.3简洁列表创建方式4.4示例4.5自测题第5章搜索数据5.1本章知识点5.2案例： 将RNA序列翻译为相应的蛋白质序列5.2.1问题描述5.2.2Python会话示例5.3命令的含义5.3.1字典5.3.2while语句5.3.3用while循环搜索5.3.4字典搜索5.3.5列表搜索5.4示例5.5自测题第6章过滤数据6.1本章知识点6.2案例： 使用RNA�瞫eq输出数据6.2.1问题描述6.2.2Python会话示例6.3命令的含义6.3.1用简单的for…if组合过滤6.3.2合并两个数据集6.3.3两组数据之间的差异6.3.4从列表、 字典和文件中删除元素6.3.5保持或不保持顺序地删除重复6.3.6集合6.4示例6.5自测题第7章管理表数据7.1本章知识点7.2案例： 确定蛋白浓度7.2.1问题描述7.2.2Python会话示例7.3命令的含义7.3.1二维表的表示方法7.3.2访问行和单元格7.3.3插入和删除行7.3.4访问列7.3.5插入和删除列7.4示例7.5自测题第8章数据排序8.1本章知识点8.2案例： 数据表排序8.2.1问题描述8.2.2Python会话示例8.3命令的含义8.3.1Python列表有利于排序8.3.2内置函数sorted()8.3.3用itemgetter排序8.3.4按升序/降序排序8.3.5数据结构（元组、 字典）排序8.3.6按长度对字符串排序8.4示例8.5自测题第9章模式匹配和文本挖掘9.1本章知识点9.2案例： 在蛋白质序列中搜索磷酸化模体9.2.1问题描述9.2.2Python会话示例9.3命令的含义9.3.1编译正则表达式9.3.2模式匹配9.3.3分组9.3.4修改字符串9.4示例9.5自测题第二部分小结第三部分模块化编程第10章将程序划分为函数10.1本章知识点10.2案例： 处理三维坐标文件10.2.1问题描述10.2.2Python会话示例10.3命令的含义10.3.1如何定义和调用函数10.3.2函数参数10.3.3struct模块10.4示例10.5自测题第11章用类化繁为简11.1本章知识点11.2案例： 孟德尔遗传11.2.1问题描述11.2.2Python会话示例11.3命令的含义11.3.1用类创建实例11.3.2类以属性的形式包含数据11.3.3类包含的方法11.3.4__repr__方法可打印类和实例11.3.5使用类有助于把握复杂程序11.4示例11.5自测题第12章调试12.1本章知识点12.2案例： 程序无法运行时应该怎样处理12.2.1问题描述12.2.2Python会话示例12.3命令的含义12.3.1语法错误12.3.2运行时错误12.3.3处理异常情况12.3.4未报告出错信息12.4示例12.5自测题第13章使用外部模块： R语言的Python调用接口13.1本章知识点13.2案例： 从文件中读取数据， 并通过Python使用R计算其平均值13.2.1问题描述13.2.2Python会话示例13.3命令的含义13.3.1rpy2和r实例的robjects对象13.3.2从Python中读取R对象13.3.3创建向量13.3.4创建矩阵13.3.5将Python对象转换成R对象13.3.6如何处理包含点的函数参数13.4示例13.5自测题第14章构建程序流程14.1本章知识点14.2案例： 构建NGS流程14.2.1问题描述14.2.2Python会话示例14.3命令的含义14.3.1如何使用TopHat和Cufflinks14.3.2什么是程序流程14.3.3在程序中交换文件名和数据14.3.4编写程序包装器14.3.5关闭文件时的延迟14.3.6使用命令行参数14.3.7测试模块： if__name__==＇__main__＇14.3.8处理文件和路径14.4示例14.5自测题第15章编写良好的程序15.1本章知识点15.2问题描述： 不确定性15.2.1程序编写存在不确定性15.2.2程序项目实例15.3软件工程15.3.1将编程项目分成小任务15.3.2将程序分为函数和类15.3.3编写格式良好的代码15.3.4使用存储库控制程序版本15.3.5如何将自己的程序分发给其他人15.3.6软件开发的周期15.4示例15.5自测题第三部分小结第四部分数据可视化第16章创建科学图表16.1本章知识点16.2案例： 核糖体的核苷酸频率16.2.1问题描述16.2.2Python会话示例16.3命令的含义16.3.1matplotlib库16.3.2绘制竖的柱状图16.3.3为x轴和y轴添加标注16.3.4添加刻度16.3.5添加一个图例框16.3.6添加图的标题16.3.7设置图表的边界16.3.8以低分辨率和高分辨率导出一个图像文件16.4示例16.5自测题第17章使用PyMOL创建分子图像17.1本章知识点17.2示例： 锌指17.2.1什么是PyMOL17.2.2PyMOL会话示例17.3用七个步骤来创建高分辨率的图像17.3.1创建一个PyMOL脚本文件17.3.2加载和保存分子17.3.3选取分子的局部17.3.4为每个选取选择展现形式17.3.5设置颜色17.3.6设置摄影位置17.3.7导出高分辨率图像17.4示例17.5自测题第18章处理图像18.1本章知识点18.2案例： 画一个质粒18.2.1问题描述18.2.2Python会话示例18.3命令的含义18.3.1创建一个图像18.3.2读和写图像18.3.3坐标18.3.4绘制几何形状18.3.5旋转图像18.3.6添加文本标记18.3.7颜色18.3.8辅助变量18.4示例18.5自测题第四部分小结第五部分Biopython第19章使用序列数据19.1本章知识点19.2案例： 如何将一条DNA编码序列翻译成对应的蛋白质序列， 并把它写入FASTA文件19.2.1问题描述19.2.2Python会话示例19.3命令的含义19.3.1Seq对象19.3.2把序列当成字符串工作19.3.3MutableSeq对象19.3.4SeqRecord对象19.3.5SeqIO模块19.4示例19.5自测题第20章从网络资源中检索数据20.1本章知识点20.2案例： 在PubMed中用关键词搜索文献， 下载并解析对应的记录20.2.1问题描述20.2.2Python会话示例20.3命令的含义20.3.1Entrez模块20.3.2Medline模块20.4示例20.5自测题第21章使用三维结构数据21.1本章知识点21.2案例： 从PDB文件中提取原子名及其三维坐标21.2.1问题描述21.2.2Python会话示例21.3命令的含义21.3.1Bio.PDB模块21.3.2SMCRA结构层次21.4示例21.5自测题第五部分小结第六部分编 程 秘 笈编程秘笈1: PyCogent库编程秘笈2： 反向互补和随机化序列编程秘笈3： 用概率创建随机序列编程秘笈4： 用Biopython解析多序列联配编程秘笈5： 从多序列联配中计算共有序列编程秘笈6： 计算系统发生树的节点间的距离编程秘笈7： 核苷酸序列的密码子频率编程秘笈8： 解析Vienna格式的RNA二级结构编程秘笈9： 解析BLAST的XML输出编程秘笈10： 解析SBML文件编程秘笈11： 运行BLAST编程秘笈12： 访问、 下载和读取网页编程秘笈13： 解析HTML文件编程秘笈14： 将PDB文件分割成PDB链文件编程秘笈15： 在PDB结构上找到两个*靠近的Cα原子编程秘笈16： 提取两个PDB链间的界面编程秘笈17： 用Modeller建立同源模型编程秘笈18： 用ModeRNA分析RNA三维同源模型编程秘笈19: 从三级结构计算RNA碱基配对编程秘笈20： 结构重叠的真实实例： 丝氨酸蛋白酶催化三分子附录附录A命令概览附录BPython资源附录C记录样板附录D处理目录和用UNIX编程

封面

书名:Python生物信息学数据管理

作者:阿莱格拉.维亚

页数:未知

定价:¥69.0

出版社:电子工业出版社

出版日期:2017-01-01

ISBN:9787121303821

PDF电子书大小:110MB 高清扫描完整版