DNA计算核酸编码原理及方法

本书特色

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dna计算是借助于分子生物技术进行计算的新方法。凭借着极大的存储密度和高度并行性，dna计算为求解np完全问题等复杂组合优化问题提供了一条全新的途径，开创了广阔的应用前景。《dna计算核酸编码原理及方法》主要介绍dna计算核酸编码原理及方法，具体包括dna计算的研究进展和背景、dna计算的生物化学基础、dna编码问题及其复杂性分析、dna二级结构预测和*小自由能模型、隐枚举核酸序列编码算法、dna编码在图着色dna计算中的应用。

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内容简介

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《dna计算核酸编码原理及方法》可作为从事dna计算、纳米结构设计、分子自组装、高性能的计算的研究学者和学生的参考书，对相关专业的教师和科研人员进行科学研究也具有一定的参考价值。

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目录

第1章dna计算的产生与发展1.1国内外研究进展1.2dna计算问题难点1.3dna计算编码方法的研究意义 第2章dna计算的生物化学基础2.1dna的分子组成和结构2.2dna计算生物化学操作2.2.1dna的变性、复性和杂交2.2.2pcr扩增2.2.3凝胶电泳分离2.2.4dna链的外切2.2.5dna链的内切2.2.6dna链的连接2.2.7特定dna分子的提取2.2.8dna序列的测定2.3dna分子计算的实现途径2.3.1基于溶液反应的dna分子计算2.3.2基于表面的dna计算2.3.3基于dna芯片的dna计算 第3章dna编码问题及其复杂性研究3.1dna编码研究的重要意义3.2dna编码问题的复杂性分析3.3dna编码约束及分析3.3.1基于汉明距离的编码约束3.3.2dna二级结构约束3.3.3dna化学特性约束3.3.4dna子序列碱基组成约束3.4dna序列设计算法3.5基于热力学和汉明距离编码方法的分析比较3.5.1限制非特异性杂交的完备性比较3.5.2汉明距离的编码方法计算量分析3.5.3基于热力学的编码约束分析3.5.4核酸编码方法比较 第4章dna二级结构预测和*小自由能模型4.1dna二级结构模型4.2动态规划dna二级结构预测算法4.3改进的动态规划回溯树搜索4.4近邻热力学模型和*小自由能4.4.1nearestgneighbor热力学模型4.4.2watsongcrick堆栈结构及其热力学模型4.4.3内单核苷酸错配结构及其热力学模型4.4.4内环结构及其热力学模型4.4.5凸环结构及其热力学模型4.4.6发卡结构及其热力学模型4.4.7悬挂末端结构及其热力学模型4.4.8多分支环和外环4.4.9dna二级结构预测例子 第5章基于遗传算法的dna平面伪结的预测算法5.1遗传算法概述5.2遗传算法的原理与方法5.2.1产生初始种群5.2.2根据目标问题构造适应度函数5.2.3选择适应度高的个体进行杂交和变异5.2.4若干次迭代后*高适应度值的为*优解5.3遗传算法和传统搜索算法的比较5.3.1梯度下降法5.3.2模拟退火算法5.3.3遗传算法5.4遗传算法预测含平面伪结的dna二级结构5.4.1适应度函数5.4.2选择运算5.4.3交叉运算5.4.4变异运算5.4.5算法流程图5.4.6算法比较与分析 第6章隐枚举核酸序列编码算法6.1隐枚举核酸序列设计算法6.1.1生成所有的dna序列n元组6.1.2算法思路及步骤6.2dna编码约束转换隐枚举评估函数6.2.1转换汉明距离约束6.2.2转换相似度约束6.2.3转换hgmeasure约束及3′端hgmeasure约束6.2.4转换反补汉明距离约束6.2.5转换自补汉明距离约束6.2.6转换单链二级结构约束6.2.7转换连续性约束6.2.8转换gc含量约束6.2.9转换解链温度约束6.2.10转换*小自由能约束6.2.11转换限定子序列约束和重叠子序列约束6.2.12转换模版序列约束6.2.13多约束的隐枚举评估函数6.3算法收敛性分析6.4同其他编码算法的比较6.4.1隐枚举算法和模板g映射算法的编码比较6.4.2隐枚举算法和模拟退火算法的编码比较6.4.3隐枚举算法和遗传算法的编码比较6.4.4隐枚举算法和*小子串算法的编码比较6.4.5隐枚举算法和多目标进化算法的编码比较6.4.6隐枚举算法和动态规划算法的编码比较 第7章dna编码在图着色dna计算中的应用7.1图顶点着色dna计算算法7.2dna编码设计在图着色dna计算中的应用 第8章dna二级结构的平面嵌入算法8.1图8.1.1有向图8.1.2可平面图8.1.3顶点的度和图的度8.1.4连通图8.2stg编号平面嵌入算法8.2.1stg编号算法8.2.2平面嵌入8.3dna二级结构平面嵌入算法8.3.1布局算法参考文献后记  

封面

书名:DNA计算核酸编码原理及方法

作者:张凯

页数:175

定价:¥68.0

出版社:科学出版社

出版日期:2015-03-01

ISBN:9787030429285

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